今年1月26日，多位美国著名人类学家联名致信国会众议院议长南希·佩洛西、参议院临时议长罗伯特·贝尔德以及众、参两院军事委员会和拨款委员会主席，强烈反对“人文地形系统”项目及其扩大方案。这些人类学家认为，“人文地形系统”是对人类学和其他社会科学专长的不当及无效使用，要求国会立即停止对该项目的拨款，取消该项目的扩大方案，并慎重考虑确保阿富汗、伊拉克及其他地区和平的替代性方案。

为了反对美军“人文地形系统”，美国人类学家协会列出了四点理由，其中最重要的一点便是，没有任何公开的、独立的评估——不论是正面的还是负面的——能够支持“人文地形系统”对于美国在阿富汗和伊拉克战场行动的有效性。其次，“人文地形系统”是危险和鲁莽的。目前已有三名被派往阿富汗和伊拉克战场进行“人文地形系统”活动的科学家遇害，而士兵们则抱怨保护这些科学家使得他们的生命处于危险之中。第三，“人文地形系统”挥霍掉大量纳税人的税款，自2006年项目设立至今已耗资大约2.5亿美元。第四，该系统因有悖于人类学和其他社会科学的专业道德和纪律而“不能被认为是合法的人类学实践”，是人类学“不可被接受的应用”。

很多人类学家认为，“人文地形系统”本质上已经成为美军为加快“杀伤链条”上的行动速度而进行的情报采集分析行动，而不是以减少军队和平民伤亡为目的的高尚项目。