菲律宾当局处理枪手挟持康泰旅游巴事件以及其他善后工作不断引发香港人的愤慨，荒谬事件却还在继续。在8月底，八名港人遗体运送返港时，其中三名遇难者的棺木被人调乱了，运送过程中却无人知晓，导致出席本港机场迎接仪式的死者家属“哭错灵”。港府怀疑菲律宾殡仪馆方面出错。

据香港《大公报》9月2日消息，保安局在1日接受媒体采访时证实，八具港人遗体运送回港后，卫生署安排家属在葵涌殓房确认尸体时，发现棺木上有三个名牌被调乱。发言人说，死者家属在港府救援队伍人员陪同下，已在马尼拉医院和化验所完成遗体确认程序，故估计是移送灵柩往机场前，殡仪馆人员出错，贴错名牌。

报道称，由于菲国政府下令按最高规格移送遗体，殡仪馆因而为遗体换上更好的棺木。据悉，殡仪馆人员把原载有遗体的简单棺木，一并搬进一个新棺木时，原有棺木的死者名牌理应同样要重新安装在新棺木上，但有人进行这个程序时，竟把其中三个名牌调乱了，导致三具遗体的身份跟棺木上的名牌不符。之后港府在香港机场举办庄严的迎接遗体仪式，当时三具被调乱了的遗体仍不被发觉。

报道还称，在遇难者家属对死者失声痛哭之后，遗体直接运送到葵涌殓房。有关人员打开棺木准备把遗体转放在殓房尸柜时，三个相关家庭的亲属才惊觉遗体被调乱。当时已伤心欲绝的家人没有投诉，由殓房职员继续处理。

报道评论说，挟持惨剧事件中，马尼拉殡仪馆方面处理港人遗体不当已有前科，传媒早前披露，殡仪馆人员在马尼拉机场准备送灵时曾打开灵柩让在场记者拍照，引起港人强烈不满，认为对死者极不尊重。