埃及前任财长穆塔兹·赛义德(Mumtaz al-Saeed)坚决主张向国际货币基金组织借贷48亿美元以解燃眉之急，但是赛义德为满足国际货币基金组织借贷要求而推出的增税措施，遭到了穆斯林兄弟会领导的自由与正义党的强烈批评，很快就被穆尔西宣布撤回。

根据埃及媒体报道，被穆尔西新任命为财政部长的穆尔西·赫加齐(El-Morsi Hegazy)是亚历山大里亚大学一名公共财政学教授，学术研究主要集中于伊斯兰财政和伊斯兰慈善捐赠法(即“扎卡特法”)，此前没有担任过任何政府职务。

接受任命后，赫加齐发表简短声明说，他已做好与国际货币基金组织进行深入讨论的充分准备。

改革内政部是穆尔西执政后面临的另一个棘手的问题。穆巴拉克倒台后，国内民众强烈要求改革内政部以尽快恢复社会的稳定，穆尔西本人亦有改组内政部的想法，因为内政部掌握的国内安全部队对他领导的政府持怀疑态度。

根据埃及媒体报道，取代阿赫迈德·贾马尔出任内政部长的默罕迈德·易卜拉欣，穆巴拉克倒台后曾担任过7个月的过渡政府内政部长，被穆尔西任命为内政部长之前，担任监狱部门负责人。此前，他还担任过艾斯尤特省安全部门负责人。艾斯尤特省是埃及基督教徒最集中的省份，同时还是很多伊斯兰激进武装组织的发源地。

接受穆尔西的任命后，易卜拉欣说，他的首要任务是打击日益上升的犯罪现象和恢复埃及社会的稳定。

“我们会以铁的手腕打击威胁国家和埃及人民的任何人。”易卜拉欣告诉埃及国家通信社，内政部要坚决取缔跨境武器走私。

从苏丹和叙利亚走私武器，是导致埃及社会不稳定的重要因素之一。

埃及人权倡议组织专门研究治安和安全改革的研究员卡里姆·恩纳拉赫接受美联社记者采访时说，阿赫迈德·贾马尔被替换，很大程度上是因为宪法纠纷期间，他处理街头抗议活动的政策引起了穆斯林兄弟会领导人的不满，因而他认为穆尔西的改组“看起来是自我矛盾的，根本算不上什么改革”。