之前朱清时曾经坦率地说过，任何重要的改革都是越过法规的，如果强调不能越过，那就不能进行改革。如果教改不能进行，那他担任南科大校长也就失去了意义。这番话曾让人猜测，朱清时校长是不是做好了要知难而退的准备？面对这样的疑问，朱清时说，他还没有时间为自己想退路，尽管困难重重，但他仍然没有绝望。

朱清时：我其实以前就估计到这个难度会很大，但是没有想到会这么大，会来得这么快。我至今仍然抱着希望能够化解这些，南科大仍然保持最初做中国教改试验田的这种目标前进，所以我还没有绝望，还希望能够继续做下去。

学生们在公开信中写下这样一段话：“我们对自己的选择坚定不移，对南科大的未来充满希望。但是我们同时也是无助的，我们仅仅是学生，我们需要大家对我们学校有一个既不过度悲观也不过度乐观的看法。”朱清时说，今天的南科大没有失败。他也坚信，总有一天，南科大会成功。

朱清时：不管我们是否能把南科大建成原来预订的那个目标——一流研究型大学，我们付出的劳动，我们的努力，我们辛苦包括这些孩子们的参与，都非常有价值，就是通过实验来回答了钱学森的问题：为什么我们国家没有一流大学？这样讲，没有失败者，南科大这个理念是成功的。不管我们把南科大建成了一流大学还是没有在我们手上建成，我相信将来有人一定会把它建成。(冯会玲)