2003年1月4日，日本媒体披露日本政府从所谓“民间所有者”手中租借钓鱼岛，中方向日本政府提出严正交涉。

2003年1月14日，日本首相小泉纯一郎再次参拜靖国神社，中方提出严正交涉。

2003年4月6日至8日，日本外相川口顺子访华，温家宝总理、唐家璇国务委员分别会见。

2003年5月18日至20日，日本联合执政的自民党、公明党、保守新党干事长访华，胡锦涛主席、黄菊副总理、唐家璇国务委员分别会见。

2003年5月31日，胡锦涛主席在圣彼得堡出席建城300周年庆典期间会见日本首相小泉纯一郎。

2003年9月，全国人大常委会委员长吴邦国对日本进行正式友好访问。

2003年8月4日，黑龙江省齐齐哈尔市发生侵华日军遗弃化学毒剂伤人事件，造成我重大人员伤亡。

2003年8月9日至11日，日本内阁官房长官福田康夫访华。

2003年8月10日至13日，李肇星外长访问日本。

2003年9月1日至4日，日本防卫厅长官石破茂访华。

2003年9月4日至10日，吴邦国委员长对日本进行正式友好访问。

2003年10月7日，温家宝总理在印度尼西亚巴厘岛出席第七次东盟与中日韩（10＋3）领导人会议期间会见日本首相小泉纯一郎。

2003年10月20日，胡锦涛主席在泰国曼谷出席第11次亚太经济合作组织领导人非正式会议期间会见日本首相小泉纯一郎。