2004年12月22日，日本政府为李登辉赴日活动发放签证。中方提出严正交涉和强烈抗议。

2005年4月13日至20日，全国人大常委会副委员长路甬祥率全国人大代表团访问日本并出席各国议会联盟“东盟+中日韩三国小组会议”及全国人大和日本众议院合作委员会首次会议。

2005年4月17日至18日，日本外相町村信孝正式访华。

2005年4月，胡锦涛主席出席在印度尼西亚首都雅加达举行的亚非峰会期间与日本首相小泉纯一郎举行会晤，就发展中日关系提出了包括严格遵守《中日联合声明》等三个政治文件在内的5点主张。

同时，日本首相小泉在亚非峰会中日领导人会晤和战后60周年的书面声明中，分别重申对日本过去侵略历史表示深刻反省和诚挚道歉。但另一方面，小泉多次参拜供奉有二战甲级战犯的靖国神社，致使中日两国首脑互访机制中断多年，中日关系陷入僵局。

2005年5月7日，李肇星外长在日本京都与日本外相町村信孝和韩国外交通商部长官潘基文举行中日韩三方委员会第三次会议。

2005年5月14日，中日第一次战略对话在北京举行。

2005年5月17日至23日，吴仪副总理赴日本出席爱知世博会中国馆日活动并顺访日本。

2005年5月21日，唐家璇国务委员会见日本自民党干事长武部勤和公明党干事长冬柴铁三一行。

2005年5月22日，胡锦涛主席会见日本自民党干事长武部勤和公明党干事长冬柴铁三一行。