拨乱反正

粉碎“四人帮”后，方毅同志先后担任中国科学院副院长、院长、党组书记，国家科委主任、党组书记，国务院副总理，国务委员；第十一届中央政治局委员、中央书记处书记，第十二届中央政治局委员。

方毅同志1977年1月到中国科学院后，团结党组一班人，在调查研究的基础上，在科技界进行拨乱反正、平反冤假错案、整顿科研秩序、组织科技队伍，为受到残酷迫害的数百位著名科学家、大批科技人员和干部平反昭雪。

1977年8月，方毅同志协助邓小平同志筹备、主持召开了全国科学和教育工作座谈会，认真听取了科学和教育工作者的意见。邓小平同志在会上的讲话，彻底否定了对“文化大革命”前17年全国教育战线和广大知识分子的错误评价，并提出恢复高等学校入学考试制度。

方毅同志坚决执行邓小平同志的指示，在科技和教育界批判“两个凡是”的错误，推动教育部门在当年就恢复了高考制度。

重视科学

从1977年9月到1978年3月，方毅同志又全力投入筹备和组织召开全国科学大会，亲自领导会议各项文件的起草工作。正是邓小平同志在这次会议上的讲话，强调了四个现代化的关键是科学技术现代化，科学技术是生产力，广大知识分子是工人阶级的一部分。会议振奋人心，迎来了我国科学的春天。党的十一届三中全会以后，方毅同志怀着满腔热情，坚持解放思想，实事求是，大力推动科学技术和教育管理体制的改革。

经党中央批准，在他领导下，恢复和重新组建了国家科委，制定了科学技术工作的新方针，强调科学技术工作和经济社会发展的紧密结合，提出实验室成果向生产转移、军用成果向民用转移、先进地区成果向后进地区转移、国外成果向国内转移。

在广泛听取各方面意见的基础上，组织和发动我国一大批著名科学家制定了我国新时期的科学技术发展规划，部署了一批大的科学工程和一大批重点科技攻关项目。中国科学院及其所属机构在全国率先取消“革命委员会”，实行所长负责制，科研工作很快获得新的发展。

在“文化大革命”中被迫中断活动的中国科学技术协会，重新焕发生机。他还积极推动学位和学术职称制度的重新建立，并担任我国第一任国务院学位委员会主任；主张尽早恢复科学技术奖励制度；重视基础教育，提出对优秀的中小学教师授予特级教师称号；提倡加快高等教育建设，发展高等院校的科研工作，鼓励多种形式办学，广开培养人才之路。方毅同志坚持在科学和教育工作中实行对外开放政策。他多次率团出国访问，商讨双边科技合作。

1979年1月，他作为中国政府代表团副团长，陪同邓小平同志访问美国，并与美方签订了有关高能物理、航天、基础研究等多项合作协定。他坚决执行邓小平同志的指示，向国外大量派遣留学和进修人员，并且改革了留学管理制度。[2]

鞠躬尽瘁

80年代初，他多次邀请海外著名学者来华，共同研讨中国科技体制的改革和科学技术的发展战略，对打破封闭的科学技术和教育领域，走出国门，促进我国的对外开放作出了重大贡献。

在科学技术工作中，方毅同志一贯重视基础研究，强调发展基础研究是中国科学院和高等院校的重要任务，亲自过问和支持北京正负电子对撞机等重大科学工程的建设，十分关注高技术在我国的发展，领导和推动大规模集成电路和计算机的研究开发。

为了促进科学技术研究同经济建设紧密结合，他从1978年起连续9年，每年率领上百位科技工作者前往攀枝花、包头、金川等地，研究共生矿资源的综合开发利用，取得了显著的成果和巨大的经济效益。[2]

方毅同志特别重视技术政策的研究，1980年至1984年，在他的支持下，国家科学技术委员会会同国家计划委员会、国家经济委员会开展了我国能源、交通、通讯等十几个重要产业领域的技术政策的研究，在经济建设中发挥了重大作用。

1988年以后，方毅同志担任七届全国政协副主席；1992年，任全国政协党组副书记，主持政协工作，为巩固和发展中国共产党领导的多党合作和政治协商制度作出了贡献。

方毅同志是中共第八、九届中央委员会候补委员，第十、十一、十二届中央委员（第十一、十二届中央政治局委员）。

1997年10月17日，方毅在北京逝世[5] ，生前他曾为别人写下这样的题词：“百年人物存公论，四海虚名只汗颜。”

2008年，《方毅传》和《方毅文集》，由人民出版社出版发行。